Center za tujce sodeluje:
- znotraj policije
- z drugimi državnimi organi, kot so:
- Ministrstvo za notranje zadeve - Sektor za azil (nastanitev in obravnava prosilcev za mednarodno zaščito)
- Ministrstvo za zunanje zadeve - veleposlaništva Republike Slovenije v tujini (pridobivanje dokumentov za tujce)
- Ministrstvo za delo, družino in socialne zadeve, centri za socialno delo (določitev skrbnikov za mladoletnike)
- Ministrstvo za zdravje (zdravstvena oskrba tujcev)
- Ministrstvo za šolstvo (izobraževanje mladoletnikov)
- Urad varuha človekovih pravic (nadzorstvo glede spoštovanja človekovih pravic in temeljnih svoboščin tujcev v postopku nastanitve v centru in prisilne odstranitve)
- z zunanjimi institucijami, kot so:
- Slovenska filantropija (delo z mladoletniki - skrbniki)
- Mozaik (delo z otroki)
- JRS - Jesuite Refugge Service (prostovoljci)
- Ključ (zaščita žrtev trgovine z belim blagom)
- UNHCR - Pravno-informacijski center nevladnih organizacij (PIC) (pravno svetovanje)
- IOM - Mednarodna organizacija za migracije (prostovoljno vračanje)
- Karitas in Rdeči križ (dodatna oskrba tujcev)
- mednarodno sodelovanje:
- z veleposlaništvi tujih držav s sedežem v Sloveniji
- z veleposlaništvi tujih držav s sedežem v tretji državi, akreditirani za Slovenijo
- s centri za tujce v drugih državah
- s tujimi policijskimi enotami, ki se ukvarjajo z odstranjevanjem tujcev
- Agencija FRONTEX
Institucije, ki spremljajo delo Centra za tujce:
- Varuh človekovih pravic
- Evropski odbor za preprečevanje mučenja in nehumanega ali ponižujočega ravnanja ali kaznovanja (CPT)
- Evropska komisija za boj proti rasizmu in nestrpnosti (ECRI)
- nevladne organizacije
- Iinšpekcijske službe
- mediji