Daktiloskopija je prva znanstveno utemeljena metoda, ki se je na prelomu 19. in 20. stoletja začela uporabljati za identifikacijo storilcev kaznivih dejanj. Daktiloskopski odsek je prvotno vodil centralno kartoteko splošne daktiloskopije in monodaktiloskopije, kartoteko opisov dlani hujših storilcev in kartoteko prstnih sledi, najdenih na kraju kaznivega dejanja. Danes so kartoteke združene v okviru sistema AFIS, oddelek pa je tudi skrbnik zakonsko opredeljene evidence daktiloskopiranih oseb. Poleg identifikacij storilcev in žrtev kaznivih dejanj se ukvarja tudi z mednarodno izmenjavo sledi in prstnih odtisov storilcev v skladu s Prümsko pogodbo z 20 državami podpisnicami.

Delo oddelka je razdeljeno na tri delovna področja. Prvo je izzivanje sledi papilarnih linij na predmetih s krajev kaznivih dejanj in drugih dogodkov. Izzivanje sledi se večinoma opravlja z akreditiranimi metodami (s cianoakrilatnimi estri, ninhidrinom ali DFO). Nato strokovnjaki sledi vizualizirajo s forenzičnimi svetlobnimi viri in različnimi daktiloskopskimi praški.

Drugo področje dela je daktiloskopska primerjava odtisov papilarnih linij z odtisi papilarnih linij in odtisov papilarnih linij s sledmi papilarnih linij. Postopek primerjave se opravlja z metodo ACE-V, torej analizo sledi in odtisa, primerjavo spornega in primerjalnega materiala, vrednotenjem ugotovitev in postopkom verifikacije drugega izvedenca.

Ugotavljanje in potrjevanje identitete oseb in trupel je tretje področje dela. Identiteta se potrjuje na podlagi primerjave papilarnih linij in daktiloskopiranih oseb in trupel. Zaradi prisotnosti papilarnih linij na stopalih lahko na oddelku opravijo tudi tovrstne preiskave in primerjave. V primeru množičnih nesreč oddelek delno vodi in usklajuje policijski del identifikacijskih postopkov.