Naloge Enota opravlja naloge v zvezi s protiterorističnim delovanjem, sodeluje pri prijetju storilcev hujših kaznivih dejanj, pri varovanju najvišjih domačih in tujih državnih predstavnikov, varovanju določenih objektov, sodeluje pri delovanju policije ob hujših elementarnih in drugih nesrečah, skrbi za ustrezno usposabljanje in izpopolnjevanje pripadnikov specialne enote ter pomaga pri usposabljanju drugih policijskih enot, ministrstva za notranje zadeve ter drugih državnih organov, skrbi za vzdrževanje materialno-tehničnih sredstev in opreme enote, opravlja druge naloge, ki jih odredi generalni direktor policije ali oseba, ki jo ta pooblasti. Organiziranost Oddelek za operativno delovanje zagotavlja neposredno operativno in interventno izvajanje nalog na področjih: ekstremnih oblik nasilja, terorizma, ugrabitev, zajetij talcev, drugih varnostnih dogodkov z visoko stopnjo ogroženosti sodelujočih. Oddelek za operativno podporo opravlja naloge na področjih: strokovne in logistične podpore policistom specialne enote pri izvajanju operativnih nalog SE, usposabljanja in izpopolnjevanja. Oddelek za protibombno zaščito opravlja naloge na področjih: operativnega interventnega in neposrednega izvajanja nalog protibombne zaščite, pirotehničnih in protibombnih pregledov ter bombnih preiskav; izdelave strokovnih mnenj; hrambe in skladiščenja zaseženih eksplozivnih sredstev in snovi ter njihovega strokovnega uničevanja. Številne specialnosti znotraj enote Člani Specialne enote so del različnih operativnih skupin, v katerih sta medsebojno zaupanje in občutek za timsko delo še kako pomembna, obenem pa vsaka zase deluje kot dobro naoljen mehanizem. Tako so posebno usposobljeni policisti organizirani še v skupine za posamezne specialnosti, med katerimi so: vdiralci (specialisti za omogočanje vstopov v objekte), ostrostrelci (posebno izurjeni za maskiranje, opazovanje, zbiranje informacij in delovanje s specialističnim orožjem), alpinisti – jamarji (specialisti za delo na višini in v globini, kot so naloge v gorah in jamah, spuščanje in vzpenjanje po različnih objektih, delo s helikopterjem), vodniki službenih psov (obvladajo delo s službenimi psi Specialne enote), vozniki specialnih vozil (usposobljeni za vožnjo različnih specialnih vozil, kot so oklepna vozila), reševalci oziroma mediki (specialisti, usposobljeni za nudenje nujne pomoči iz bojne medicine) in potapljači (policisti, usposobljeni za potapljaštvo in taktiko dela pod vodo in na njej).
Proces usposabljanj pripadnikov Specialne enote je kontinuiran in poteka od izpolnitve pogojev za delo do prekinitve delovnega razmerja v tej enoti.