Enota je razdeljena v dve skupini, in sicer za izvajanje mejne kontrole in za nadzor državne meje. Varovanje meje na morju izvaja na območju celotnega slovenskega morja, tako da ni razlike med načini in oblikami varovanja na Mejnem prehodu (v nadaljevanju MP) Koper in MP Piran.
Slovenska obala je območje v severnem delu Jadranskega morja, ob vzhodni obali Tržaškega zaliva. Na obali sta dva mejna prehoda za mednarodni pomorski promet - Koper in Piran, kjer Postaja pomorske policije Koper izvaja mejno kontrolo.